En tre ukers krig i 1994 løste ingen av problemene, men i 1996 møttes zaptister og representanter for kongressen, og forhandlet frem en avtale om indianernes kultur og rettigheter. Den daværende regjerningen forkastet avtalen, med det resultat at forhandlingene ble brutt. Siden den gang har konflikten stått stille. Store militære styrker er plassert i området, i tillegg til at paramilitære grupper har fått fritt spillerom. Menneskerettighetsorganisasjoner kaller situasjonen en ”lavintensitetskrig”, med få offisielle drapstall, men med vold, terror og overgrep.
Når Vicente Fox tok over som president i desember i fjor, brøt han det 71 år gamle partimonopolet, og skapte håp om endring i mange lag av den meksikanske befolkningen. Han har profiliert seg som en fredens mann med vilje til å rydde opp i den gamle konflikten. Han har lovet å komme zapatistene i møte, slik at de kunne fortsette fredsforhandlingene. Han har stengt noen militær-poster, og frigitt en del samvittighetsfanger, men zapatistene sier deres krav ennå ikke er innfridd. De har stilt tre krav som må oppfylles før de møter styresmakene ved forhandlingsbordet: Syv spesielle militærposter må stenges, alle politiske fanger må frigis og indianernes rettigheter og kulturelle annerkjennelse må grunnlovsfestes.
President Fox har sendt lovsforslaget fra 1996 til kongressen. Zapatistenes marsj til Mexico City er for å få kongressen i tale.